巨噬細胞（macrophage）是廣泛分布于幾乎全身各組織器官，主要定位于病原體易入侵的首道防線區域：如皮膚、黏膜及免疫反應或者代謝活躍組織器官：如肝、脾、肺。常常它們分為定居/駐留型巨噬細胞（如肝臟庫普弗細胞、腦小膠質細胞，皮膚朗格漢斯細胞）和招募/遷移型巨噬細胞：由單核細胞分化而來。
定居/駐留型巨噬細胞在不同組織器官中的巨噬細胞具有獨特名稱和功能。他們多數在胚胎期形成，可自我更新，不依賴血液單核細胞補充。招募/遷移型巨噬細胞來源于血液中的單核細胞，在炎癥或組織損傷時遷移至病變部位，分化為巨噬細胞并參與免疫反應。分布于血液、淋巴系統及炎癥組織中，具有較強遷移能力。
定居/駐留型巨噬細胞大多起源于胚胎卵黃囊，是長壽細胞，依賴自我更新。在實驗性穩態條件下，研究表明成年小鼠的定居/駐留型巨噬細胞在大多數組織中能夠在當地自我更新，且獨立于BMDMs。定居/駐留型巨噬細胞的發展、增殖和生存受到來自基質細胞的三個主要因子（CSF1、IL-34和CSF2）的局部和全身控制，這些因子通過兩個巨噬細胞受體（CSF1R和CSF2R）發揮作用。CSF1在許多組織中有三種同型體形式。IL-34主要由神經元和角質形成細胞產生。肺上皮細胞產生的CSF2是肺泡巨噬細胞（AM）生存所必需的。招募/遷移型巨噬細胞的壽命較短。在實驗性應激條件下，炎癥過程導致大量的炎癥性單核細胞進入組織，但這并不意味著招募/遷移型巨噬細胞能自動替代定居/駐留型巨噬細胞。在一些實驗模型中，盡管BMDMs取代了定居/駐留型，但通過本地增殖的定居/駐留型巨噬細胞也已被觀察到恢復。移植研究顯示，供體的定居/駐留型巨噬細胞可以在其所在的器官中長時間存活。
巨噬細胞高度異質。無論形態還是功能。分群，亞群，分型，亞型和功能分類，部位相關等都需要借助巨噬細胞表面的Marker，位置和功能來界定。因此，有客觀，也有主觀等因素來定義。巨噬細胞本身表達一系列能感應生理參數的受體，如pH（見Cell文獻）、溫度、滲透壓、缺氧和壓力（見PANS文獻），也感應多種代謝物和與凋亡、受損細胞相關的信號以及病原體相關分子模式。定居/駐留型巨噬細胞協助組織重塑，維持組織免疫微環境穩態，有助于維護組織器官的特殊功能。如小鼠腹腔大型腹膜巨噬細胞有助于保護腹膜腔，并支持B細胞的功能，而小鼠腹腔小型腹膜巨噬細胞則源于骨髓并具有促炎癥性。Kupffer細胞在肝臟中清除衰老或受損的紅血細胞，并在鐵代謝中發揮重要作用。肺泡巨噬細胞位于肺泡的上皮表面，并通過吞噬細菌和顆粒物以及清除和降解肺表面活性劑來維持氣道的完整性。腎常駐巨噬細胞位于圍小管毛細血管的非腔側，持續監測內皮運輸并清除進入腎間質的免疫復合物和顆粒。
