100多年前，俄羅斯科學家Ilya Metchnikoff描述巨噬細胞和它的吞噬作用的時候，估計他也沒想到巨噬細胞的作用其實是如此之多。它被大家所熟悉的功能就是作為機體抵御外來物質入侵的門戶固有免疫防線，如細菌、真菌和病毒的入侵。但是其實它在其他生理活動中也扮演著更加重要的角色。
巨噬細胞有著不同的來源和功能，在不同環境的刺激下巨噬細胞能改變其表型從而行使不同的功能。研究者們嘗試通過不同方面，如功能、來源，對巨噬細胞進行分類，目前比較常用的是按照表型功能進行分類。在不同的炎癥狀態下，巨噬細胞可以分化成M1和M2狀態。通過IFN-γ激活的M1巨噬細胞和通過IL-4激活的M2巨噬細胞除了有介導驗證的作用以外，M1巨噬細胞還兼顧清除外來病原體的作用，而M2巨噬細胞還有對組織的損傷修復作用，對維持組織穩態有著十分重要的作用。然而，巨噬細胞并不是個完*全的“大好人"，研究發現，巨噬細胞也會促進一些疾病的發生，例如自身免疫紊亂、纖維化，在一些特定種類的腫瘤下，巨噬細胞也會促進腫瘤的生長（TAM）。
巨噬細胞既具有保護功能，又具有致病功能，根據其組織位置和功能特性可分為亞型。成熟的巨噬細胞存在于組織中，通過感知組織損傷或感染來促進免疫監視。通過TLR激活的巨噬細胞分化為“經典激活"的巨噬細胞（也稱為M1巨噬細胞），并產生包括TNF和IL-1在內的炎性細胞因子。在移植過程中，巨噬細胞的活化初是由于缺血和再灌注引起的組織損傷而引起的，并可能導致早期移植物的損傷。或者，活化的巨噬細胞（也稱為M2巨噬細胞）通過暴露于細胞因子IL-4來誘導。 與傳統活化的巨噬細胞相比，促炎作用較小，并且在某些情況下會產生下調炎癥免疫反應的微環境。的確，活化的巨噬細胞可以抑制古典活化的巨噬細胞產生促炎細胞因子。另外，活化的巨噬細胞通過產生可刺激上皮細胞和成纖維細胞的生長因子，在傷口愈合和組織修復中也起著重要作用。此功能在移植后早期的移植反應中很重要，因為傷口愈合將使組織穩態得以恢復。然而，在反應的后期，組織修復反應可能不太理想，因為已顯示它們通過引起同種異體移植物中血管的阻塞而導致了同種異體移植失敗的延遲，這一過程稱為移植性動脈硬化或與移植相關的血管病。
巨噬細胞位于淋巴結構中，可與淋巴細胞相互作用，因此有可能影響彼此的功能活動。 Treg細胞與巨噬細胞的相互作用可導致巨噬細胞獲得交替激活或調節的巨噬細胞的特性。盡管巨噬細胞與B1型B細胞的相互作用會導致形成調節性巨噬細胞群，從而導致炎癥細胞因子水平降低和IL-10水平升高。因此，巨噬細胞可以影響適應性免疫應答的特征，并且它們也可以改變其免疫功能。免疫應答過程中與其他調節免疫細胞群體相互作用的結果。
